El programa en Ingeniería Ambiental de la UAO, ha definido tres líneas de énfasis por las cuales pueden optar los estudiantes de acuerdo a sus intereses y preferencias.

Cada una de ellas se soporta por grupos de investigación a los que pertenecen los profesores que imparten las asignaturas del programa.

El énfasis se desarrolla a través de las asignaturas básicas y profesionales que hacen parte de la propuesta curricular, y se complementa a través de cuatro (4) asignaturas electivas (12 créditos), que se ofrecen de acuerdo a las tendencias en las áreas de conocimiento que conforman el programa académico.

Las líneas de énfasis son las siguientes:
- Control de la calidad de aire: La calidad del aire ha sido reconocida como una de las necesidades ambientales más sentidas del país y la región, con mayor influencia en la salud de la población. En el énfasis se contemplan temáticas tales como la gestión de la calidad de aire, contaminación atmosférica, ambiente y salud, contaminación del aire en interiores y tecnologías para el tratamiento de emisiones en la industria.
- Recuperación de suelos y acuíferos contaminados: Asociado a usos del suelo específicos (e.g. industria química, rellenos sanitarios) la contaminación de suelos y aguas subterráneas se constituye en una seria preocupación que no pareciera recibir mayor atención en el país. En el énfasis se contemplan temáticas tales como hidrología y geología de suelos y acuíferos, cierre y postoperación de rellenos sanitarios, biorremediación de suelos y acuíferos.
- Producción limpia: Dado el carácter industrializado del mundo globalizado, la producción limpia de bienes y servicios corresponde a un imperativo urgente para alcanzar la sostenibilidad del sistema ambiente. Este énfasis contempla temáticas tales como gestión ambiental empresarial, fundamentos de la producción limpia, ecología industrial y eco-eficiencia.
 

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